<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">
</head>
<body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
To whom it may concern,</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
I am currently trying to use the toolbox to run inter-subject correlation analyses on my fmri dataset.</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
It is a dataset with 3670 data points per participant, each image with a number of voxels of 79 x 95 x 79.</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
However, I am encountering a few problems in different steps of the analysis.</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
I have tried to first run simple intersubject correlations on a subset of the datapoint without frequency specific analysis and it seems to succeed. But then it is not clear to me what I should visualise on the visGUI. If I try to load the .mat file with the
 project name, it does not allow me to visualise anything as it keeps asking for a folder with the Harvard 2mm atlas, which I do not have and which has a size not compatible with my images (I ran the analysis using a custom map). Any suggestion on how to overcome
 the problem or visualise the result at all?</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
The second main problem arises when running the frequency specific analysis.&nbsp;</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
It creates binary files in the fmrifiltered folder, but than it complains about the mapping not being valid.&nbsp;</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Any suggestion?&nbsp;</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
I would be happy to provide more details if needed.&nbsp;</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
As to the version, I am using the developer subversion available on <a href="https://www.nitrc.org/scm/?group_id=947" class="">
https://www.nitrc.org/scm/?group_id=947</a>&nbsp;as the other version available on NITRC would not allow me to interact with the visualisation GUI.</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Thank you in advance, any help would really be appreciated :)&nbsp;</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Best,</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
Roberta</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<br class="">
</div>
<div dir="auto" style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space;" class="">
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
——————&nbsp;</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;">
Roberta Rocca<br class="">
PhD Student, School for Communication&nbsp;and Culture<br class="">
Aarhus University<br class="">
Building 1485, Office 637<br class="">
Jens Chr. Skous Vej 2<br class="">
8000 Aarhus C, Denmark</div>
<div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant-caps: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;" class="">
<br class="">
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br class="">
</div>
</body>
</html>