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<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">

<div style="">I installed MRtrix v0.2.9 on my virtual machine that uses Windows XP. When I try to overlay an image with tracks generated using streamtrack an error occurs which closes MRview.<br>

<br>

I generated the spherical harmonic representation of the DWI using dwi2SH. The original images had 50 directions with b 1000 and 6 b 0 images. Two sets of these made 112 original images per subject.<br>

<br>

The command I used for generating the tracts was:<br>

streamtrack -seed WM_mask.nii -mask brain_mask.nii SD_PROB dwi_image.nii tracks.tck<br>

I pasted the output from track_info below.<br>

<br>

I want to try TDI using these images.<br>

<br>

Thanks, Keith<br>

<br>

<br>

Microsoft Windows XP [Version 5.1.2600]<br>

<br>

Y:\MRtrix&gt;track_info -info tracks.tck<br>

track_info [INFO]: WARNING: malformed key/value entry (&quot;max_num_attempts:&quot;) in f<br>

ile &quot;tracks.tck&quot; - ignored<br>

track_info [INFO]: error parsing spherical ROI specification &quot;Y:\MRtrix\WM_mask.<br>

nii&quot; - assuming mask image<br>

track_info [INFO]: error parsing spherical ROI specification &quot;Y:\MRtrix\dti2cEC_<br>

brain_mask.nii&quot; - assuming mask image<br>

***********************************<br>

&nbsp; Tracks file: &quot;tracks.tck&quot;<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; count:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10000<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; init_threshold:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; lmax:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; max_dist:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 200<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; max_num_tracks:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10000<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; max_trials:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; method:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; SD_PROB<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; min_curv:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; min_dist:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; no_mask_interp:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; sh_precomputed:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; source:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Y:\MRtrix\SH.nii<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; step_size:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; stop_when_included:&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; threshold:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; total_count:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11067<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; unidirectional:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; ROI:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; seed Y:\MRtrix\WM_mask.nii<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; ROI:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mask Y:\MRtrix\dti2cEC_brain_mask.nii<br>

<br>

</div>

</div>

<br>

<hr>

<font face="Arial" color="Blue" size="2"><br>

UT Southwestern Medical Center<br>

The future of medicine, today.<br>

</font>

</body>

</html>