<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><div _moz_dirty=""><div class="mimepart text html"><div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;">Dear Thijs,<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Sorry for my insistence, I just want to make sure that you did receive my last mail, because I'm gonna run this on lots of subjects and I would like to know your opinion before doing such amount of work.  I must mention that this email is not an exactly copy from the last one, I've add some things.<br />
<br />
First of all thank you again for your answer and time, you are so 
helpful, I'd already use the whole brain as seed region as you recommend
 me, I use two masks for the -include option and the same brain-mask in 
the -mask option see below, as I have no problem with computation time 
and space for saving the results, and you are so right I want the most accurate tracking as 
possible, so I'd let the number in 10 million, and now I would like to ask 
you. <br />
<br />
The thing I'm trying to do is to track all fibers from the corpus 
callosum (CC) to the cortex (ctx), for that reason I use the CC and the 
ctx as two separated masks to include, I'm using the brain mask as 
seeding and mask regions. When I use the -stop option as the CC is so 
close to the cortex the tracks generated were just a few (the only ones that were not excluded because they weren't inside the two inclusion areas; and for me they 
didn't make much sense, since some of them look like projecting to the pons), so then I did not use the -stop option and the 
tracks generated were lots more and of course I have many spurious 
tracks (as I see the temporal lobe completely tracked, but a change in the defined options could improve this result, right? I just have to make some probes), I want to be 
sure that one of these approaches to get all tracks from CC to ctx is quite good 
because I'm going to run this over more than a 100 subjects or if I'm missing something important. I'm using low
 thresholds of FA (initcutoff = .2 and cutoff=.1) a -step = .2, and 
curvature of 1mm, as recommended for SD_PROB.<br />
<br />
What do you think about it?<br />
<br />
Best Regards,<br />
Gabriel<br />
</div>
</div></div></div><br />-- <br /><br /><br /><br /><br />----------------------------<br />PhD. student Gabriel González-Escamilla<br />Laboratory of Functional Neuroscience<br />Department of Physiology, Anatomy, and Cell Biology<br />University Pablo de Olavide<br />Ctra. de Utrera, Km.1<br />41013 - Seville<br />- Spain -<br /><br />Email: ggonesc@upo.es<br />http://www.upo.es/neuroaging/es/