Dear mrtrix,<div><br></div><div>I run streamtrack on one data using DT_STEAM, SD_STREAM and SD_PROB options respectively. All 3 results look well (in accordance with anatomical knowledge). However, I have some questions about the format of the 3 output tck files.</div>
<div><br></div><div>I tried to load these 3 tck files into matlab, using fread(&#39;float32&#39;). </div><div><br></div><div>For the DT_STREAM one, the loading data looks fine, all positive value separated by NaN triplets (corresponding to coordinates along the tracks I assume?).</div>
<div><br></div><div>But in the SD_STREAM and SD_PROB tck files, fread(&#39;float32&#39;) return a lot of negative values ( I thought they all should be positive?), separated by non-NaN but extremely small numbers.</div><div>
<br></div><div>I am wondering if I am doing something wrong here? Or there is some different setting in tck file format from different tractography options?</div><div><br></div><div>All I tried to get is the coordinates along the tracks from tractography, like what I saw from DT_STREAM.</div>
<div><br></div><div>Many thanks in advance!</div><div><br></div><div>P.S.: Regarding to my previous issue with mrconvert fail in CentOS VBox, I have figured it out that it is due to some wired reasons: If the target file is located in my CentOS system hard drive (virtual), then the mrconvert works fine. However, if I put the target file in the shared folder (shared from my iMac), the command will fail. And it is not just mrconvert, but any other commands that call the mmap. I guess it has something to do with my VBox or my iMac. But anyway, it is not a problem for now.</div>
<div><br></div><div>micdtiserver</div><div><br></div><div> </div><div><br></div><div><br></div>