Hi Peter,<div>You can use the find_SH_peaks command. Note that you also have to supply a set of directions as input, which are used as seeds for the peak finding. You can generate these using the gendir command.</div><div>
<br></div><div>Note that dir2amp can be used to convert these directions to peak amplitudes.</div><div>Cheers,</div><div>Dave</div><div><br></div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On 18 October 2012 19:06, Peter Neher <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:p.neher@dkfz-heidelberg.de" target="_blank">p.neher@dkfz-heidelberg.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi all, I wondered if it is possible to directly output the fiber directions and not only the SH representation of the ODFs. If this is not possible, can anyone tell me how the SH file looks like so that I can read it and extract the peaks myself?<br>

<br>
Best<br>
Peter<br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
<a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org" target="_blank">Mrtrix-discussion@www.nitrc.<u></u>org</a><br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/<u></u>listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><b><font color="#ff6600">Dr David Raffelt</font></b></div><div><font color="#ff6600">Post Doctoral Fellow</font></div><div><br></div><div>The Florey Institute of Neuroscience and Mental Health</div>
<div>Melbourne Brain Centre - Austin Campus</div><div>245 Burgundy Street</div><div>Heidelberg Vic 3084<div>Ph: <a value="+61390357024">+61 3 9035 7024</a></div></div><div><a value="+61390357024">www.florey.edu.au</a></div>
<br>
</div>