Hi everyone,<div><br></div><div>The DTI fit in MRtrix should handle multiple b-values fine. The CSD approach however cannot currently handle such data, as Thijs correctly stated. Luis, I&#39;m surprised that you manage to get convincing results simply by stripping off the b=0 image, since it is ignored by csdeconv anyway (unless you use the -normalise option which is not recommended). In any case, it is definitely not designed to handle multiple b-values, so I would not advise planning your study around it...</div>

<div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Donald.</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On 16 November 2012 07:41, Luis Concha <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lconcha@unam.mx" target="_blank">lconcha@unam.mx</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I have a similar data set to the one described by Romain (1x b=0, 32x b=1000 and 32x b=2000; the 32 gradient directions are identical for b1000 and b2000). <br>

<br>Perhaps I _shouldn&#39;t_ be doing it, but cdsdeconv seems to handle this data set perfectly when I strip off the b=0 image (my usual approach, as I am after CSF signal elimination). However, I just tested csdeconv with all three b values (0,1000 and 2000) and it seems to give similar results, up to an lmax=6 (I did not test any further).<br>




<br>The DTI maps look perfectly fine, with a slight increase in FA in regions partial voluming with CSF (fornix, callosum edges) in the non-b0 data set as compared to the b=0,1000,2000 data set.<br><br>Perhaps doing 2 shells is OK even in the absence of b=0, and the argument of multi-shell CSD invalidity is only applicable for &gt;3 shells. Nonetheless, I would much appreciate it if you could direct me to the right papers in order to understand if I am doing things properly, as I plan to use this approach for a longitudinal 4-year study that is just about to begin.<br>





<br>Below is the gradient table used for the b=0,1000,2000 data set, and I am posting a snapshot of the orientation plots for the data sets I mentioned here:<br><a href="http://imgur.com/56Y8q" target="_blank">http://imgur.com/56Y8q</a><br>



<br><br>Thanks.<br><br><br clear="all">Dr. Luis Concha<br>Instituto de Neurobiología<br>Laboratorio C-12<br>UNAM, Campus Juriquilla<br>
Boulervard Juriquilla 3001<br>Juriquilla, Querétaro.<br>C.P. 76230<br>México<br>Tel <a href="tel:%28442%29%202%2038%2010%2053" value="+524422381053" target="_blank">(442) 2 38 10 53</a><br>
Fax <a href="tel:%28442%29%202%2038%2010%2046" value="+524422381046" target="_blank">(442) 2 38 10 46</a><br><a href="http://www.inb.unam.mx" target="_blank">www.inb.unam.mx</a><br><br>
0.000000    0.000000    0.000000    0<br>-1.000000    0.000000    0.000000    1000<br>0.000000    -1.000000    0.000000    1000<br>0.000000    0.000000    1.000000    1000<br>0.042400    0.114601    -0.992506    1000<br>




-0.174909    0.200511    -0.963951    1000<br>-0.232290    0.162593    -0.958960    1000<br>-0.367520    -0.026101    -0.929649    1000<br>-0.190192    -0.374383    -0.907560    1000<br>0.116799    -0.833394    -0.540196    1000<br>




0.200489    -0.252686    -0.946548    1000<br>0.495782    -0.134495    -0.857969    1000<br>0.014100    0.628102    -0.778003    1000<br>0.744490    0.147698    -0.651091    1000<br>0.760877    -0.320390    -0.564283    1000<br>




0.180892    -0.924660    -0.335085    1000<br>0.679628    0.422417    -0.599725    1000<br>-0.777100    -0.470700    -0.417800    1000<br>-0.924162    0.103596    -0.367685    1000<br>-0.468485    0.767376    -0.437786    1000<br>




-0.881688    0.189298    -0.432194    1000<br>-0.690404    -0.706204    -0.156901    1000<br>-0.239096    -0.757087    -0.607990    1000<br>0.057800    -0.983696    0.170299    1000<br>0.536773    -0.836058    -0.113494    1000<br>




0.991788    0.120698    -0.042299    1000<br>0.996763    -0.070897    -<a href="tel:0.037899%C2%A0%C2%A0%C2%A0%201000" value="+3780549991000" target="_blank">0.037899    1000</a><br>0.872425    -0.478114    -0.101403    1000<br>



0.248714    -0.933552    0.258114    1000<br>-0.118295    -0.991861    -0.047098    1000<br>
-0.337598    -0.841495    0.421798    1000<br>-0.528585    -0.840876    0.116297    1000<br>-0.996853    -0.054997    -0.057097    1000<br>-1.000000    0.000000    0.000000    2000<br>0.000000    -1.000000    0.000000    2000<br>




0.000000    0.000000    1.000000    2000<br>0.042400    0.114601    -0.992506    2000<br>-0.174909    0.200511    -0.963951    2000<br>-0.232290    0.162593    -0.958960    2000<br>-0.367520    -0.026101    -0.929649    2000<br>




-0.190192    -0.374383    -0.907560    2000<br>0.116799    -0.833394    -0.540196    2000<br>0.200489    -0.252686    -0.946548    2000<br>0.495782    -0.134495    -0.857969    2000<br>0.014100    0.628102    -0.778003    2000<br>




0.744490    0.147698    -0.651091    2000<br>0.760877    -0.320390    -0.564283    2000<br>0.180892    -0.924660    -0.335085    2000<br>0.679628    0.422417    -0.599725    2000<br>-0.777100    -0.470700    -0.417800    2000<br>




-0.924162    0.103596    -0.367685    2000<br>-0.468485    0.767376    -0.437786    2000<br>-0.881688    0.189298    -0.432194    2000<br>-0.690404    -0.706204    -0.156901    2000<br>-0.239096    -0.757087    -0.607990    2000<br>




0.057800    -0.983696    0.170299    2000<br>0.536773    -0.836058    -0.113494    2000<br>0.991788    0.120698    -0.042299    2000<br>0.996763    -0.070897    -<a href="tel:0.037899%C2%A0%C2%A0%C2%A0%202000" value="+3780549992000" target="_blank">0.037899    2000</a><br>



0.872425    -0.478114    -0.101403    2000<br>
0.248714    -0.933552    0.258114    2000<br>-0.118295    -0.991861    -0.047098    2000<br>-0.337598    -0.841495    0.421798    2000<br>-0.528585    -0.840876    0.116297    2000<br>-0.996853    -0.054997    -0.057097    2000<br>





<br>_______________________________________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
<a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a><br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font color="#ff6600" size="1"><b>Dr Jacques-Donald Tournier<br></b></font><div><font color="#ff6600" size="1">Research Fellow</font></div><div><font size="1"><br>

</font></div><div><font size="1">The Florey Institute of Neuroscience and Mental Health</font></div><div><font size="1">Melbourne Brain Centre - Austin Campus</font></div><div><font size="1">245 Burgundy Street</font></div>

<div><font size="1">Heidelberg Â Vic Â 3084</font></div><div><font size="1">Ph: Â +61 3 9035 7033</font></div><div><font size="1">Fax: Â +61 3 9035 7307</font></div><div><font size="1"><a href="http://www.florey.edu.au" target="_blank">www.florey.edu.au</a></font></div>

<br><br>
</div>