
<html dir="ltr">

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>

</head>

<body ocsi="0" fpstyle="1">

<div style="direction: ltr;font-family: Tahoma;color: #000000;font-size: 10pt;">Hi all,<br>

I have been looking into using streamtrack SD_PROB for whole brain tracking to create TDI. My dMRI sequence was acquired on a 3T Siemens Verio, voxel size 2.2mm isotropic, using diffusion gradient b=3000 with 64 directions. I was wondering if anyone would have

 any advice or suggestions in regard to the following:<br>

<br>

1. Should perform eddy_current corrections on my dMRI images as the mrtrix wiki does not show a step for eddy current correction? I didn't want to use FSL just in case there were errors with the bvec gradient scheme when using it in mrtrix.<br>

<br>

2. I also get the following error:<br>

disp_profile: unexpected number of SH coefficients - assuming response function<br>

<br>

My input is as follows<br>

erode subjectIDmask.mif -npass 3 - | mrmult subjectIDfa.mif - - | threshold - -abs 0.7 subjectIDsf.mif<br>

estimate_response subjectIDdwi.mif subjectIDsf.mif -lmax 8 subjectIDresponse.txt<br>

disp_profile -response subjectIDresponse.txt<br>

<br>

I think I saw a post where Donald said that this has been fixed in the latest version so should I upgrade my version/ redo all analyses?<br>

<br>

3. What is the optimum number of streamlines needed to achieve good quality TDI, I have seen some people use 4 million but others have used 2 million?<br>

<br>

Thanks,<br>

Todd<br>

</div>

</body>

</html>