<html>

  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    Hello Mrtrix users,<br>

    <br>

    I tried analysing a sample subject from the recently available Human

    Connectome Project dataset (<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://db.humanconnectome.org">https://db.humanconnectome.org</a>), and

    encountered an issue with CSD tractography in Mrtrix. In brief, the

    dataset has 1.25 mm isotropic voxels, 270 directions, 3 b-shells

    (1000,2000,300) and 2 repeats.<br>

    <br>

    The tensor estimation worked fine, and am able to compute

    sensible-looking FA maps. The mask erosion is also fine, but when I

    view the response function coefficient, it displays an unusual shape

    (<a href="http://postimage.org/image/cl7tpwc3p/">RCF</a>). The

    csdeconv command returns no errors and the orientation plot looks

    reasonable. My problem is, when I attempt to perform tractography

    with the streamtrack command, the program hangs.<br>

    <br>

    Any idea as to why this might be?<br>

    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 

Kind regards,

Ivan Alvarez

PhD Candidate

Imaging and Biophysics Unit

UCL Institute of Child Health

30 Guilford Street, London, WC1N 1EH</pre>

  </body>

</html>