Hi Zhuang,<div><br></div><div>It looks like the computer you&#39;re trying to build on has the wrong versions of the dependencies. The particular dependencies that are failing are libglib-2.0, libgobject-2.0, and libintl. The error message state that although these libraries were found, they are not 64-bit versions (i.e. not x86_64). I assume you&#39;re trying to build on a 64-bit system, and on this system you happen to have the 32-bit version of GTK installed (these libraries are all related to Glib/GTK). I&#39;m not sure how they got onto your system, but presumably they were pulled in as part of an earlier install of some other 32-bit software package (probably using Fink, judging from where these libraries were installed).</div>

<div><br></div><div>I guess you have two options:</div><div><ul><li>compile MRtrix in 32-bit mode. I&#39;m not sure how you&#39;d go about doing this in MacOSX, but I&#39;m guessing you&#39;ll probably need to set the &#39;-mtune&#39; option in sysconf/darwin.py to something like &#39;i686&#39;. That said, the GCC compiler options are subtly different on MacOSX, so this might not work, but a quick Google search on compiling 32-bit apps in a 64-bit environment on MacOSX should give you the information pretty quickly. Note that for this approach you&#39;ll also need 32-bit versions of all the other dependencies, including GSL and OpenGL; if these are not already installed, it&#39;ll require more work to get them installed too, in which case you&#39;d be better off going for the next option, which is the one I&#39;d recommend anyway...</li>

<li>The better option would be to compile in 64-bit mode, but in this case you&#39;ll need to install the 64-bit versions of all the dependencies. This shouldn&#39;t be too hard, you should be able to use one of the approaches <a href="http://www.brain.org.au/software/mrtrix/install/macosx.html">listed in the documentation</a> (which you&#39;ve obviously already done on a different system). My guess is you should be able install these dependencies alongside the existing ones, without conflict. I think Fink will install in /sw/lib64 or similar, so it shouldn&#39;t affect existing applications that might rely on the 32-bit versions (the other approaches also install in different places, so shouldn&#39;t conflict either).</li>

</ul><div>Hope this helps.</div></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Donald.</div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On 12 March 2013 04:42, Zhuang Song <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zhuang.song@gmail.com" target="_blank">zhuang.song@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div>Hi all, </div><div><br></div><div>After I installed MRtrix- 0.2.10 successfully in one Mac OSX Lion computer, I got the following error when I tried to install it (by running ./build) in another Mac OSX Lion computer. It seems to relate to Xcode. Could you give me any clue how to fix it?   </div>


<div> </div><div>------------------------------------------------------------------------------------------</div><div>ERROR: [LD] lib/libmrtrix-0_2_10.dylib</div><div><br>
</div><div>g++ -shared -L/sw/lib lib/math/vector.o lib/math/matrix.o lib/image/format/analyse.o lib/file/dicom/quick_scan.o lib/image/format/list.o lib/file/dicom/image.o lib/file/config.o lib/point.o lib/image/name_parser.o lib/image/format/xds.o lib/data_type.o lib/args.o lib/file/dicom/patient.o lib/file/dicom/tree.o lib/image/fft.o lib/image/header.o lib/file/dicom/mapper.o lib/file/dicom/select_cmdline.o lib/math/linalg.o lib/file/dicom/study.o lib/file/dicom/element.o lib/file/mmap.o lib/image/format/nifti1.o lib/file/dicom/dict.o lib/image/format/mrtrix.o lib/image/format/base.o lib/image/axis.o lib/image/interp.o lib/image/mapper.o lib/file/dicom/series.o lib/mrtrix.o lib/image/format/mri.o lib/image/object.o lib/image/format/dicom.o lib/app.o lib/file/key_value.o -L/opt/local/lib -lglibmm-2.4 -lgobject-2.0 -lsigc-2.0 -lgthread-2.0 -lglib-2.0 -lintl -lgsl -lgslcblas -o lib/libmrtrix-0_2_10.dylib</div>



<div><br></div><div>failed with output:</div><div><br></div><div>ld: warning: ignoring file /sw/lib/libgobject-2.0.dylib, file was built for unsupported file format ( 0xfe 0xed 0xfa 0xce 0x 0 0x 0 0x 0 0x12 0x 0 0x 0 0x 0 0x a 0x 0 0x 0 0x 0 0x 6 ) which is not the architecture being linked (x86_64): /sw/lib/libgobject-2.0.dylibld: warning:</div>



<div>ld: warning: ignoring file /sw/lib/libgthread-2.0.dylib, file was built for unsupported file format ( 0xfe 0xed 0xfa 0xce 0x 0 0x 0 0x 0 0x12 0x 0 0x 0 0x 0 0x a 0x 0 0x 0 0x 0 0x 6 ) which is not the architecture being linked (x86_64): /sw/lib/libgthread-2.0.dylibignoring file /sw/lib/libglib-2.0.dylib, file was built for unsupported file format ( 0xfe 0xed 0xfa 0xce 0x 0 0x 0 0x 0 0x12 0x 0 0x 0 0x 0 0x a 0x 0 0x 0 0x 0 0x 6 ) which is not the architecture being linked (x86_64): /sw/lib/libglib-2.0.dylib</div>



<div>ld: warning:</div><div>ignoring file /sw/lib/libintl.dylib, file was built for unsupported file format ( 0xfe 0xed 0xfa 0xce 0x 0 0x 0 0x 0 0x12 0x 0 0x 0 0x 0 0x a 0x 0 0x 0 0x 0 0x 6 ) which is not the architecture being linked (x86_64): /sw/lib/libintl.dylib</div>



<div>Undefined symbols for architecture x86_64:</div><div>  &quot;_g_ascii_table&quot;, referenced from:</div><div>      MR::File::Dicom::select_cmdline(MR::File::Dicom::Tree const&amp;)in select_cmdline.o</div><div>      MR::(anonymous namespace)::print_formatted_paragraph(std::basic_string&lt;char, std::char_traits&lt;char&gt;, std::allocator&lt;char&gt; &gt; const&amp;, std::basic_string&lt;char, std::char_traits&lt;char&gt;, std::allocator&lt;char&gt; &gt; const&amp;, int, int, int)in app.o</div>



<div>  &quot;_g_snprintf&quot;, referenced from:</div><div>      MR::Image::Header::description() constin header.o</div><div>  &quot;_g_sprintf&quot;, referenced from:</div><div>      MR::Image::NameParser::name(std::vector&lt;int, std::allocator&lt;int&gt; &gt; const&amp;)in name_parser.o</div>



<div>  &quot;_g_unlink&quot;, referenced from:</div><div>      MR::File::MMap::Base::~Base()in mmap.o</div><div>  &quot;_g_vsnprintf&quot;, referenced from:</div><div>      MR::printf(char const*, ...)in matrix.o</div><div>



      MR::printf(char const*, ...)in patient.o</div><div>      MR::printf(char const*, ...)in study.o</div><div>      MR::printf(char const*, ...)in element.o</div><div>      MR::printf(char const*, ...)in series.o</div>


<div>
  &quot;_glib_major_version&quot;, referenced from:</div><div>      MR::App::sort_arguments(int, char**)in app.o</div><div>  &quot;_glib_micro_version&quot;, referenced from:</div><div>      MR::App::sort_arguments(int, char**)in app.o</div>



<div>  &quot;_glib_minor_version&quot;, referenced from:</div><div>      MR::App::sort_arguments(int, char**)in app.o</div><div>ld: symbol(s) not found for architecture x86_64</div><div>collect2: ld returned 1 exit status</div>


<div><br></div><div>Thanks, </div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Zhuang</div>
</font></span><br>_______________________________________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
<a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a><br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font color="#ff6600" size="1"><b>Dr Jacques-Donald Tournier<br></b></font><div><font color="#ff6600" size="1">Research Fellow</font></div><div><font size="1"><br>

</font></div><div><font size="1">The Florey Institute of Neuroscience and Mental Health</font></div><div><font size="1">Melbourne Brain Centre - Austin Campus</font></div><div><font size="1">245 Burgundy Street</font></div>

<div><font size="1">Heidelberg  Vic  3084</font></div><div><font size="1">Ph:  +61 3 9035 7033</font></div><div><font size="1">Fax:  +61 3 9035 7307</font></div><div><font size="1"><a href="http://www.florey.edu.au" target="_blank">www.florey.edu.au</a></font></div>

<br>
</div>