<html>
  <head>

    <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=ISO-8859-1">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Dear MRtrixers,<br>
    I've been using mrtrix for various things and came up with an
    approach that I wanted to run by the experts. It might be that I'm
    barking up entirely the wrong tree, so could use some guidance.
    Regarding voxelwise metrics derived from the spherical deconvolution
    (I saw the apparent fibre density (AFD) paper and this is something
    I'd be interested in trying in the long run), I wondered whether the
    largest FOD lobe might be sensitive to pathology. Here's my
    analysis:<br>
    <br>
    Having run CSD (Lmax = 6, the b-value is only 1000, 42 directions)
    on my data, I used find_SH_peaks, dir2amp and FSL's fslroi to
    extract the FOD of the largest amplitude (I called this max_amp) and
    thus was able to generate voxelwise max_amp maps per subject, in
    native space. <br>
    <br>
    I then normalised the max_amp maps (by dividing by 3.5, to give a
    scalar in the 0-1 range), having assessed the maximum amplitude in
    any voxel across all subjects (which was 3.51ish). The idea being
    that the the scalar now represents a score based on the amplitude of
    the FOD lobe relative to the highest possible amplitude in vivo
    tissue; thus 0 = absence of FOD and 1 = maximum possible FOD
    amplitude.<br>
    <br>
    These normalised max_amp maps were then warped into group space
    using the warps calculated from generating a groupwise template from
    FA maps. I then created a mask using a threshold of FA&gt;0.2 (to
    limit analysis to white matter) and finally ran some stats (using
    FSL randomise as per TBSS). In a group of 10 controls and 15
    patients there were a number of significant clusters of increased
    max_amp in controls, roughly corresponding to the corticospinal
    tract and corona radiata. There were no increases in patients. <br>
    <br>
    The rationale behind this comes from the idea that the max_amp
    metric represents the amount of diffusion in the principle
    direction, but uncontaminated by crossing fibre effects (so perhaps
    a 'better' version of axial diffusivity, I suppose). I'm not
    assuming this idea is original by any means, perhaps just the
    implementation of it in mrtrix.<br>
    <br>
    Apologies for the long post, but I'd be really appreciative of some
    expert opinions. Any ideas for theoretical / practical improvements,
    or reasons why this might not be representing what I think it is
    would be most helpful.<br>
    <br>
    Many thanks,<br>
    James<br>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <b>James Cole PhD | Research Associate | Huntington's Disease
        Research Group | UCL Institute of Neurology</b></div>
  </body>
</html>