<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <div class="moz-cite-prefix">Hello<br>
      <br>
      Yes signal dropouts is a common feature of Siemens dti
      acquisition. but it is not clear what is the exact cause. I think
      there may be different cause<br>
      _ subject motion (when there is a lot of subject motion then I see
      several dropout on the same volume<br>
      _ bed vibration a know problem on TRIO 3T (I heard they had a
      solution but we could not convince them to install it ...)<br>
      _ gradient heating<br>
      _ partial fourier : Jesper on fsl list : " My personal experience
      is for example that 5/8 is to severe and that 3/4 is better for
      reducing drop-out."<br>
      <pre wrap="">
</pre>
      For the gradient heating you can try to increase the TR (take 1 or
      2 second abouve&nbsp; the minimal TR ). The bvec order may also play a
      role : make sure you the directions where the absolute amplitude
      on a given axis (it is often the case)<br>
      <br>
      in the next mrtrix release there will be a correction for those
      'bad' slice<br>
      <br>
      Cheers<br>
      <br>
      Romain<br>
      <br>
      Le 05/11/2013 15:13, Dorian P. a &eacute;crit&nbsp;:<br>
    </div>
    <blockquote
cite="mid:CAF9pfmZM4bfpJLqJaaDQXL2z_bsX_bMqoXmvu_kZCoYB9CWU3g@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div dir="ltr">Dear MRtrix list,
        <div><br>
        </div>
        <div>My HARDI sequence is frequently contaminated by slices with
          collapsed signal. This happens in 2-3 slices of 61 volumes.
          Slices and volumes affected are a bit random, not always the
          same.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>In concomitance I see shifts in anterior-posterior (phase)
          direction from one volume to the other. I have been told this
          may happen because gradients heat to much.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>My question at this point is:anybody had the same
          experience with slice dropouts?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Do you think slice dropouts are related to the b-value.
          Would decreasing b from 3000 to 2500 make a difference? Could
          slices collapse because of motion causing bigger artifacts
          with high b-values?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Finally, do you think the slice collapse is related to the
          anterior-posterior shift (gradient heating) problem?</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Any comment may be useful.</div>
        <div>Thank you.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Dorian</div>
        <div>TJU</div>
      </div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
      <pre wrap="">_______________________________________________
Mrtrix-discussion mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>