<p dir="ltr">Hi Ralf,</p>
<p dir="ltr">Difficult to know what&#39;s going on without a bit more information, but my guess is things start going wrong when you hit the 32-bit threshold. I&#39;m not sure why it wouldn&#39;t at least stop tracking if that were the case though, I thought I&#39;d put in some checks in case this type of  problem occurred... In any event, the fact that you can generate a decent number of tracks successfully strongly suggests that the problem is related to file size in some way, and a quick calculation suggests that 500,000 tracks would probably take up of the order of 2-4Gb. You can probably check whether your file grows as expected beyond 2 or 4Gb: if it stops at that point, that would be the problem...</p>

<p dir="ltr">Assuming that&#39;s the case, the problem would be either that you&#39;re running a 32 version of MRtrix, that your virtual machine is itself 32 bit, or that the filesystem you&#39;re writing to doesn&#39;t support large file sizes (e.g. the FAT filesystem as used in DOS-formatted hard drives). Since it does look like you&#39;re writing to an external hard drive, I would have a good look at how it&#39;s formatted... If it&#39;s a FAT partition, you might want to consider reformatting as a NTFS partition.</p>

<p dir="ltr">Hope this helps,<br>
Donald.</p>
<p dir="ltr"> <br>
--<br>
Dr J-Donald Tournier (PhD)</p>
<p dir="ltr">Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
King&#39;s College London</p>
<p dir="ltr">A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
T: +44 (0)20 7188 7118 ext 53613<br>
W: <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
    </p>
<div class="gmail_quote">On 13 Jan 2014 13:53, &quot;Ralf&quot; &lt;<a href="mailto:luetzken@med.ovgu.de">luetzken@med.ovgu.de</a>&gt; wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div>did somebody encounter the error?</div><div><br></div><div>I can load whole brain tracks with 500,000 but 1,000,000 and above doesnt work.  Im not sure where the threshold is.</div>


<div><br></div><div>Terminal:</div><div><br></div><div>generated the track:</div><div><br></div><div>30111  405207 generated,  </div><div>30111 2019750 generated,</div><div>1500000 selected    [100%]</div><div>[1]+  Done                   </div>


<div><br></div><div>real<span style="white-space:pre-wrap">        </span>68m21.159s</div><div>user<span style="white-space:pre-wrap">        </span>61m49.668s</div><div>sys<span style="white-space:pre-wrap">        </span>7m42.241s</div>

<div><br></div><div>ubuntu@ubuntu-virtual-machine:/mnt/hgfs/HR_DWI/ho33_2404_1.4_B1500_ElectroVectorScheme/dicomdaten_nr3538$ mrview anat_ho33_2404.mif &amp;[1] 4237<br></div><div><br></div><div>Then I try loading the Track with the GUI:</div>


<div><br></div><div>ubuntu@ubuntu-virtual-machine:/mnt/hgfs/HR_DWI/ho33_2404_1.4_B1500_ElectroVectorScheme/dicomdaten_nr3538$ mrview: file &quot;/mnt/hgfs/HR_DWI/ho33_2404_1.4_B1500_ElectroVectorScheme/dicomdaten_nr3538/whole_brain_1500000t.tck&quot;<b> is not in MDS format (unrecognised magic number)</b></div>


<div><b><br></b></div><div>No further details about the error are given.<br></div><div><br></div><div>Hope somebody can help,</div><div><br></div><div>Ralf Lützkendorf</div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
<a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a><br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
<br></blockquote></div>