<div dir="ltr">Hi Michael,<div><br></div><div>OK, I figured out what the issue is. The -nomaskinterp only applies to include, exclude &amp; mask ROIs, but not to the seed ROI (it&#39;s a different section of code that handles this bit). The current seeding strategy is to find a point at random where the intensity in the mask is higher than 0.5. When using tri-linear interpolation, if you have a zero voxel with a few &#39;one&#39; voxels around one of its corner, some of the zero voxel&#39;s volume will end up with intensity higher than 0.5 - just enough to allow a few seed points to appear within a voxel that wasn&#39;t actually part of the mask.</div>
<div><br></div><div>It&#39;s nothing to worry about in most cases, since the spurious seeds will be located no more than a fraction of a voxel outside the ROI. However, if you really need to ensure that the seed points are strictly located within the ROI&#39;s voxels, then obviously it&#39;s a problem. If you need to get rid of that problem, I&#39;ve just committed a fix for it, which makes sure the -nomaskinterp option also applies to the seed ROI. You can get it direct from the SVN repo on Google Code: <a href="https://code.google.com/p/mrtrix/source/checkout">https://code.google.com/p/mrtrix/source/checkout</a></div>
<div><br></div><div>Hope this helps!</div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Donald.</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On 23 January 2014 17:52, Michael Schirner <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:m.schirner@fu-berlin.de" target="_blank">m.schirner@fu-berlin.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Donald,<br>
<br>
thanks for coming back to me. This post was a follow up to the post I<br>
posted yesterday, I didn&#39;t manage to add it to the thread.<br>
<br>
Below is the text of yesterdays post. I&#39;m happy to provide you with the<br>
data if that helps.<br>
<br>
atb,<br>
Michael<br>
<br>
***snip***<br>
Hi Donald et al,<br>
<br>
we encounter some strange behaviour: streamtrack produces very nice<br>
tracks, but it is often the case, that the first voxel of a track is not<br>
one of the specified seed voxel but right next to one (despite using the<br>
&#39;unidirectional&#39; flag).<br>
<br>
We run streamtrack using this command:<br>
streamtrack SD_PROB CSD8.mif -seed seedmask.mif -include targetmask.mif<br>
-mask mask.mif -nomaskinterp -unidirectional -num 1000 tracks.tck<br>
<br>
The dwi data was read in from a DICOM directory, no further processing<br>
except as specified in the mrtrix documentation. All masks were generated<br>
from freesurfer segmentations, stored as NIFTI and converted to mif-format<br>
using mrconvert. After tracking we convert the tck files to vtk files<br>
using one of the mask-files as &#39;-voxel&#39; image. We tried it with and<br>
without adding +1 to each coordinate dimension, in order to get<br>
matrix-cube indices.<br>
<br>
Strangely, when we use masks that contain only a single seed voxel,<br>
everything works just fine, but as soon if we use a larger ROI we<br>
encounter this problem.<br>
<br>
Any help is much appreciated. Thanks!<br>
<br>
Michael<br>
***<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
&gt; Hi Michael,<br>
&gt;<br>
&gt; I&#39;m not too sure what you mean, so this is just a guess: unless you<br>
&gt; supplied the -unidirectional option to streamtrack, that is the expected<br>
&gt; behaviour - by default, tracks will proceed in opposite directions from<br>
&gt; the<br>
&gt; seed point, so that it ends up somewhere in the middle of the track.<br>
&gt;<br>
&gt; Hope that answers the question. If I&#39;ve got the wrong end of the stick,<br>
&gt; please provide a bit more context...<br>
&gt;<br>
&gt; Cheers,<br>
&gt; Donald<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; Dr J-Donald Tournier (PhD)<br>
&gt;<br>
&gt; Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
&gt; Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
&gt; King&#39;s College London<br>
&gt;<br>
&gt; A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St<br>
&gt; Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
&gt; T: +44 (0)20 7188 7118 ext 53613<br>
&gt; W:<br>
&gt; <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
&gt;<br>
&gt; On 23 Jan 2014 12:38, &quot;Michael Schirner&quot; &lt;<a href="mailto:m.schirner@fu-berlin.de">m.schirner@fu-berlin.de</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;&gt; The problem seems to improve when using high-res masks (1mm isotropic).<br>
&gt;&gt; In<br>
&gt;&gt; this case only a smaller fraction of seed-voxels is affected. Seems like<br>
&gt;&gt; there occurs a rounding error at some point. Nevertheless strange that<br>
&gt;&gt; it<br>
&gt;&gt; never occurs when using only single-voxel masks.<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; _______________________________________________<br>
&gt;&gt; Mrtrix-discussion mailing list<br>
&gt;&gt; <a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a><br>
&gt;&gt; <a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr"><b><font color="#990000">Dr J-Donald Tournier (PhD)</font></b><br><div><font color="#990000"><br></font></div><i><font color="#990000">Senior Lecturer, </font></i><i><font color="#990000">Biomedical Engineering</font></i><div>
<i><font color="#990000">Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>King&#39;s College London</font></i><div><i><font color="#990000"><br></font></i></div><div><i><font color="#990000"><b style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:15px"><span style="font-size:10pt">A:</span></b><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:10pt"> Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1<sup>st</sup> Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH</span><br>
</font></i></div><div><i><font color="#990000"><b>T:</b> +44 (0)20 7188 7118 ext 53613</font></i></div></div><div><i><font color="#990000"><b>W:</b> <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a></font></i><br>
</div></div>
</div>