<div dir="ltr"><div>Hi Donald,</div><div><br></div><div>Thanks! it works perfect with the mrcalc (I didn&#39;t try yet with the mrtreshold). One last qüestion related with this, should I do this for all the rois that aren&#39;t binaries? To be sure that used all the voxels of the ROI.</div>
<div><br></div><div>Best regards,</div><div><br></div><div>Manuel Blesa</div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-06-04 21:05 GMT+02:00 Donald Tournier <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jdtournier@gmail.com" target="_blank">jdtournier@gmail.com</a>&gt;</span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi Manuel,</p>
<p dir="ltr">If mrtreshold doesn&#39;t work, and the values outside the ROI are exactly zero, you could also use:</p>
<p dir="ltr">mrcalc roi_CC1.mif 0 -neq new_roi_CC1.mif</p><div class="im HOEnZb">
<p dir="ltr">Cheers,<br>
Donald<br></p>
<p dir="ltr">--<br>
Dr J-Donald Tournier (PhD)</p>
<p dir="ltr">Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
King&#39;s College London</p>
<p dir="ltr">A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
T: <a href="tel:%2B44%20%280%2920%207188%207118%20ext%2053613" value="+442071887118" target="_blank">+44 (0)20 7188 7118 ext 53613</a><br>
W: <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
    </p>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_quote">On 4 Jun 2014 19:00, &quot;Donald Tournier&quot; &lt;<a href="mailto:jdtournier@gmail.com" target="_blank">jdtournier@gmail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<p dir="ltr">Hi Manuel,</p>
<p dir="ltr">OK, make sense then. The threshold is 0.5, I think. You can use mrthreshold to sort this out.</p>
<p dir="ltr">Cheers,<br>
Donald</p>
<p dir="ltr">--<br>
Dr J-Donald Tournier (PhD)</p>
<p dir="ltr">Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
King&#39;s College London</p>
<p dir="ltr">A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
T: <a href="tel:%2B44%20%280%2920%207188%207118%20ext%2053613" value="+442071887118" target="_blank">+44 (0)20 7188 7118 ext 53613</a><br>
W: <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
    </p>
<div class="gmail_quote">On 4 Jun 2014 18:28, &quot;Manuel Blesa Cábez&quot; &lt;<a href="mailto:mblesac@gmail.com" target="_blank">mblesac@gmail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">


<div dir="ltr">Hi Donald,<br><br>I checked it for all the ROIs and the values are not 0 and 1. Are 0 outside the roi and between 0 and 1 in the ROI. Do you think this is the motive? How can I make it binary?<br><br>Regards,<br>



<br>Manuel Blesa<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-06-04 19:13 GMT+02:00 Donald Tournier <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jdtournier@gmail.com" target="_blank">jdtournier@gmail.com</a>&gt;</span>:<br>



<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi Manuel,</p>
<p dir="ltr">OK, I guess the transform wasn&#39;t the issue... The only other possibility I can think of is that the values in the ROI image aren&#39;t the expected 0 &amp; 1. Can you load the ROI image in MRView and check that the intensity values outside the ROI are zero and those inside the ROI are one?</p>



<div>

<p dir="ltr">Cheers,<br>
Donald</p>
<p dir="ltr">--<br>
Dr J-Donald Tournier (PhD)</p>
<p dir="ltr">Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
King&#39;s College London</p>
<p dir="ltr">A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
T: <a href="tel:%2B44%20%280%2920%207188%207118%20ext%2053613" value="+442071887118" target="_blank">+44 (0)20 7188 7118 ext 53613</a><br>
W: <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
    </p>
</div><div><div><div class="gmail_quote">On 4 Jun 2014 18:06, &quot;Manuel Blesa Cábez&quot; &lt;<a href="mailto:mblesac@gmail.com" target="_blank">mblesac@gmail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr">Hi Donald,<br><br>This is the mrinfo for the fod:<br><br>************************************************<br>Image:               &quot;fod.mif&quot;<br>************************************************<br>



  Format:            MRtrix<br>

  Dimensions:        120 x 110 x 54 x 45<br>  Voxel size:        1.4 x 1.4 x 2.8 x 1<br>  Data type:         32 bit float (little endian)<br>  Data strides:      [ 2 3 4 1 ]<br>  Intensity scaling: offset = 0, multiplier = 1<br>





  Comments:          FSL5.0<br>  Transform:                    1           0           0   2.788e+04<br>                               -0           1           0  -3.487e+04<br>                               -0           0           1  -5.623e+04<br>





                                0           0           0           1<br><br><br>The rest of the ROIs, have the same mrinfo that the problematic ROI. I check it with both programs, fslview and mrview and with both looks ok.<br>





<br>To calculate this ROIs I did it with FSL, because i calculated on the template after do the TBSS, to see differences betwen groups, and after this I did the inverse transform to the subject space.  Can some of this steps affect to the transform of the ROI?<br>





<br>Regards,<br><br>Manuel Blesa</div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-06-04 18:54 GMT+02:00 Donald Tournier <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jdtournier@gmail.com" target="_blank">jdtournier@gmail.com</a>&gt;</span>:<br>





<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi Manuel,</p>
<p dir="ltr">The translation column of the transform seems way out - about 30 metres off isocentre... Does the ROI overlay properly onto your fod.mif image within MRView? Does your fod.mif image have the same translation - what does mrinfo report for that image? I expect whatever you used to generate the ROI has corrupted the transform. When you said the ROI looks OK on visual inspection, was that with fslview or MRView? I think fslview just overlays images voxel-wise, with no regard for any differences in the transforms. Basically, if the two images don&#39;t overlap in scanner coordinates, then that would explain your issue...</p>





<div>

<p dir="ltr">Cheers,<br>
Donald</p>
<p dir="ltr">--<br>
Dr J-Donald Tournier (PhD)</p>
<p dir="ltr">Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
King&#39;s College London</p>
<p dir="ltr">A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
T: <a href="tel:%2B44%20%280%2920%207188%207118%20ext%2053613" value="+442071887118" target="_blank">+44 (0)20 7188 7118 ext 53613</a><br>
W: <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
    </p>
</div><div><div><div class="gmail_quote">On 4 Jun 2014 17:39, &quot;Manuel Blesa Cábez&quot; &lt;<a href="mailto:mblesac@gmail.com" target="_blank">mblesac@gmail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Donald,<br><br></div>This is the &#39;mrinfo roi_CC1.mif&#39;<br><br>************************************************<br>Image:               &quot;roi_CC1.mif&quot;<br>************************************************<br>







  Format:            MRtrix<br>  Dimensions:        120 x 110 x 54<br>  Voxel size:        1.4 x 1.4 x 2.8<br>  Data type:         32 bit float (little endian)<br>  Data strides:      [ -1 2 3 ]<br>  Intensity scaling: offset = 0, multiplier = 1<br>







  Comments:          FSL5.0<br>  Transform:                    1           0           0   2.788e+04<br>                               -0           1           0  -3.487e+04<br>                               -0           0           1  -5.623e+04<br>







                                0           0           0           1<br><br></div>Regards,<br><br></div>Manuel Blesa<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">2014-06-04 18:33 GMT+02:00 Donald Tournier <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jdtournier@gmail.com" target="_blank">jdtournier@gmail.com</a>&gt;</span>:<br>







<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi Manuel,</p>
<p dir="ltr">Can you post the output of &#39;mrinfo roi_CC1.mif&#39; ? Would be good to also have some info as to how the image was generated. Hopefully that&#39;ll help to narrow down the problem...</p>
<p dir="ltr">Cheers,<br>
Donald</p>
<p dir="ltr">--<br>
Dr J-Donald Tournier (PhD)</p>
<p dir="ltr">Senior Lecturer, Biomedical Engineering<br>
Division of Imaging Sciences &amp; Biomedical Engineering<br>
King&#39;s College London</p>
<p dir="ltr">A: Department of Perinatal Imaging &amp; Health, 1st Floor South Wing, St Thomas&#39; Hospital, London. SE1 7EH<br>
T: <a href="tel:%2B44%20%280%2920%207188%207118%20ext%2053613" value="+442071887118" target="_blank">+44 (0)20 7188 7118 ext 53613</a><br>
W: <a href="http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering" target="_blank">http://www.kcl.ac.uk/medicine/research/divisions/imaging/departments/biomedengineering</a><br>
    </p>
<div class="gmail_quote"><div><div>On 4 Jun 2014 17:01, &quot;Manuel Blesa Cábez&quot; &lt;<a href="mailto:mblesac@gmail.com" target="_blank">mblesac@gmail.com</a>&gt; wrote:<br type="attribution"></div></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div>
<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi all,<br><br></div>I have a strange problem, I&#39;m sure is easy to solve but I&#39;m stuck on this and I don&#39;t find the solution.<br><br></div>I want to calculate the tracks for a ROI, and when I run it I obtain the following message:<br>









<br>tckgen fod.mif tracks_CC1.tck -algorithm SD_STREAM -grad ag140128a_6_HARDI_WT_ref.b -seed_image roi_CC1.mif -mask mask.mif -number 1000<br><br>tckgen [ERROR]: Cannot use image roi_CC1.mif as ROI - image is empty<br><br>









</div>I opened the ROI and it looks ok, and is not &quot;outside&quot; of the fod map. I did the same, for another ROI and it works correctly. I don&#39;t know way this ROI has this problem, Somebody can help me? Maybe is due to the location of the ROI and the default parameters? Thanks in advance.<br>









<br></div>Best regards,<br><br></div>Manuel Blesa<br><div><div><div><br></div></div></div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
<a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org" target="_blank">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a><br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
<br></blockquote></div>
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div>
</blockquote></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>