<div dir="ltr"><div>Hi MRtrix experts,<br><br></div>running tckgen on a cluster and the nodes are centos 6.5, with this specific set of option:<br><br clear="all"><div><div>$ tckgen -force -act 5tt.nii.gz -info -maxlength 250 -nthreads 12 -number 10000 -seed_dynamic fod.nii.gz -step 0.2 fod.nii.gz track.tck<br>

....<br>tckgen [INFO]: step size = 0.2 mm<br>tckgen [INFO]: maximum deviation angle = 14.4 deg<br>tckgen [INFO]: minimum radius of curvature = 1.25 mm<br>tckgen [INFO]: iFOD2 internal step size = 0.0666667 mm<br>tckgen [INFO]: opening image &quot;fod.nii.gz&quot;...<br>

tckgen [INFO]: rejection sampling will use 7 directions with a ratio of 1.0728 (predicted number of samples per step = 8.0391)<br>   61056 generated,     9984 selected    [ 99%]<br><br></div><div>it runs until it almost reachs the total count of fibers requested then get stuck there using all the cpu resources allocated with nthreads, it only happens when using seed_dynamic.</div>

<div>A slightly earlier version of mrtrix3 ( 52617b9f3a4d58f50d0e802d2609bc7fb503da21 ) does not have this bug. Looking at the diff shows mainly changes related to strides but the fod have been generated with the latest version.<br>

</div><div><br></div><div>thanks for you help.<br><br></div><div>cheers<br></div><div><br>-- <br><div dir="ltr"><div><div><font size="1">Basile Pinsard<br></font></div><i><font size="1">PhD candidate<br></font></i></div>
<font size="1">Laboratoire d&#39;Imagerie Biomédicale, UMR S 1146 / UMR 7371, Sorbonne Universités, UPMC, INSERM, CNRS<br>
Unité de Neuroimagerie Fonctionnelle, CRIUGM, Université de Montréal</font><br></div>
</div></div></div>