<div dir="ltr">Hi Ping-Hong,<div><br></div><div>This mailing list is reserved for the deprecated MRtrix 0.2 software.</div><div>Since this question relates to the <i>MRtrix3</i> software package, please direct your query to the <a href="https://community.mrtrix.org/">community forum</a>.</div><div><br></div><div>Thanks</div><div>Rob<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br>--<br><br><span style="color:rgb(255,102,0)"><b>Robert Smith, Ph.D</b><br>Senior Research Officer, Imaging Division</span><br><br>The Florey Institute of Neuroscience and Mental Health<br>Melbourne Brain Centre - Austin Campus<br>245 Burgundy Street<br>Heidelberg VIC 3084 Australia<br>Ph: +61 3 9035 7128<br>Fax: +61 3 9035 7301<br><a href="http://www.florey.edu.au/" target="_blank">www.florey.edu.au</a><br></div></div><div dir="ltr"><br></div><div><i>MRtrix3</i>: Advanced tools for the analysis of diffusion MRI data</div><div><a href="http://www.mrtrix.org/" target="_blank">Website</a> - <a href="http://www.mrtrix.org/blog/" target="_blank">Blog</a> - <a href="https://github.com/MRtrix3/mrtrix3" target="_blank">Repository</a> - <a href="http://community.mrtrix.org/" target="_blank">Community forum</a></div><div><br></div>Australian National Imaging Facility Fellow</div></div><div dir="ltr"><a href="http://anif.org.au" target="_blank">http://anif.org.au</a><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Nov 1, 2019 at 2:42 AM Ping-Hong Yeh &lt;<a href="mailto:pinghongyeh@gmail.com">pinghongyeh@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">Hello Mrtrix3 users, <br>
<br>
For calculating FDC values mentioned in the <a href="https://protect-au.mimecast.com/s/oXFjCjZroMFLK96kIRZdNb?domain=mrtrix.readthedocs.io" target="_blank">
https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/fixel_based_analysis/mt_fibre_density_cross-section.html</a>,
<br>
<br>
In Step 18,<br>
<br>
foreach * : mrcalc ../template/fd/IN.mif ../template/fc/IN.mif -mult ../template/fdc/IN.mif<br>
<br>
Are the ../template/fd/IN.mif  files the same as those ../template/fd/PRE.mif file, which were the output of Step16,  
<div><br>
foreach * : fixelcorrespondence IN/fixel_in_template_space/fd.mif ../template/fixel_mask ../template/fd PRE.mif</div>
<br>
<br>
I was not able to locate the ../template/fd/IN.mif. </div>
<div dir="ltr"><br>
</div>
<div>Thanks. </div>
<div><br>
</div>
<div>Ping</div>
</div>
</div>

</blockquote></div>