<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Hi<br>
<br>
thanks, output is attached, I see it has recognised the data as being
DTI which is good. On the other hand, it's a 32 directions scan with
one b=0, and I see<br>
dim: 112,112,60<b>,34</b><br>
<br>
could it be that it has fallen foul of the cheeky 34th dataset which
Philips add, an isotropic DW image? caused issues with quite a few of
our codes, ppl always forget about it.<br>
<br>
Ph<br>
<br>
On 04/06/10 05:54, Donald Tournier wrote:
<blockquote
 cite="mid:AANLkTimzl1WRcRo9NuXpxvNv-Szkp_34Md42kNFaz1nk@mail.gmail.com"
 type="cite">Hi Philip,
  <div><br>
  </div>
  <div>Sounds a bit odd. To narrow things down a bit, could you post
the output of the following:</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>$ mrinfo dwi.mif</div>
  <div>$ mrinfo sf.mif</div>
  <div>
  <div>$ awk '{ if ($0=="END") exit 0; print $0 }' dwi.mif</div>
  </div>
  <div>$ awk '{ if ($0=="END") exit 0; print $0 }' sf.mif</div>
  <div>$ ls -l dwi.mif sf.mif</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>That should give me a bit more info...</div>
  <div>Cheers,</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>Donald.</div>
  <div>
  <div><br>
  </div>
  <br>
  <div class="gmail_quote">On 3 June 2010 01:49, Philip G Batchelor <span
 dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
 href="mailto:philip.batchelor@kcl.ac.uk">philip.batchelor@kcl.ac.uk</a>&gt;</span>
wrote:<br>
  <blockquote class="gmail_quote"
 style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
    <div bgcolor="#ffffff" text="#000000">On 12/03/10 00:38, Donald
Tournier wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div>This message has been archived. Â <a moz-do-not-send="true"
 href="https://kclev.kcl.ac.uk/EnterpriseVault/ViewMessage.asp?VaultId=1CFCE6957FBD5654F8CCD18F833B7A6301110000kcl-evsite01&amp;SavesetId=730000000000000%7E201003120038120000%7E0%7EE7E2A350A97B45AD91183E4EEB3B887"
 target="_blank">View
the original item </a></div>
      <div class="im">
      <div>Hi Philip, Sorry, there is currently
no documentation on that file format... It is quite simple, though. It
consists of a text header, followed by binary data. The first line of
the text header</div>
      </div>
      <div>Attachments:</div>
      <table border="0" cellpadding="2" cellspacing="1" width="97%"
 align="center">
        <tbody>
          <tr>
            <td width="80%"><a moz-do-not-send="true"
 href="https://kclev.kcl.ac.uk/EnterpriseVault/ViewMessage.asp?VaultId=1CFCE6957FBD5654F8CCD18F833B7A6301110000kcl-evsite01&amp;SavesetId=730000000000000%7E201003120038120000%7E0%7EE7E2A350A97B45AD91183E4EEB3B887&amp;AttachmentId=1"
 target="_blank">read_mrtrix_tracks.m </a></td>
            <td>(2 KB)</td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
Hi<br>
    <br>
am trying to process some of the Philips DICOM we acquired, in order to
perform CSD. At the estimate_response stage it crashes, something went
wrong with 'axes specification' but nore sure what. Here is the
sequence of operation I go though:<br>
    <br>
    $ mrconvert -info DICOM/ ./mrtrix-data/dwi.mif<br>
    [...]<br>
   <br>
    $ mrconvert dwi.mif -coord 3 0 - | threshold - - | median3D - - |
median3D - mask.mif<br>
     [...]<br>
   <br>
    $ dwi2tensor dwi.mif dti.mif<br>
  Â  [...]<br>
    <br>
    $ tensor2FA dti.mif - | mrmult - mask.mif fa.mif<br>
    $ erode mask.mif - | erode - - | mrmult fa.mif - - | threshold -
-abs 0.6 sf.mif <br>
    $ estimate_response dwi.mif sf.mif  response.txt<br>
    <br>
      estimate_response: incorrect number of axes in axes specification
"-0,-1,+2,+3"<br>
      *** glibc detected *** estimate_response: free(): invalid next
size (fast): 0x000000000194c420 ***<br>
      ======= Backtrace: =========<br>
     /lib/libc.so.6(+0x775b6)[0x7f4f4d5065b6]<br>
    /lib/libc.so.6(cfree+0x73)[0x7f4f4d50ce53]<br>
    etc...<br>
    <br>
Am trying to diagnose if I'm doing some basic error, or if there's  a
problem with the way the axes are read from the DICOMS?<br>
Any suggestion?<br>
    <br>
Ph<br>
    </div>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  <br clear="all">
  <br>
-- <br>
Jacques-Donald Tournier (PhD)<br>
Brain Research Institute, Melbourne, Australia<br>
Tel: +61 (0)3 9496 4078<br>
  </div>
</blockquote>
<br>
</body>
</html>