<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Arial","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page WordSection1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="NL-BE" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">First off, guessing from your &quot;10000000&quot;, I assume computation time and resources (read: disk space for the resulting .tck file) are not an issue;
 i.e. you just want the best final result possible.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Taking that in mind (especially a lot of computation time), I would personally indeed use the full brain mask for seeding.&nbsp; I've included another
 drawing in attachment to illustrate this.&nbsp; Part of your options for the streamtracking command would now look like:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">-mask blue.mif -seed blue.mif -include green1.mif -include green2.mif -stop<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">In this way, you somehow make the least possible assumptions about where the tracks could be, apart from the requirement that they connect both ROI's
 (green1.mif and green2.mif) and that they should be contained within the brain (blue.mif).&nbsp; Now you're virtually unable to overlook anything, i.e. you're not biased by what you might specifically be expecting from the final result.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">In theory, nothing that comes out of this is &quot;wrong&quot;: all resulting accepted tracks will fullfill your criterium of connecting both ROI's by definition
 of your options.&nbsp; Of course, looking at the end result, you might get something similar as to what I've drawn: some dense bundle (the one you where actually interested in) and some spurious tracks, or maybe some other (possibly less dense) bundle.&nbsp; You might
 then use this end result to define an exclusion region and do everything all over again, now possibly excluding anything you didn't want to show up in the first place.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">It's of course also important to play around with the other parameters (such as the step size, the maximum curvature, the FA or FOD amplitude threshold,
 etc...): they are, in my opinion, powerfull and less biased ways of defining some properties of your tracks: they are somewhat more &quot;datadriven&quot; than a &quot;brute&quot; cutoff by a mask (although the FA threshold is also basically a mask).&nbsp; If in the previous example,
 for instance, you ended up with a lot of spurious tracks in many different regions of the brain, the source of the problem might be found in a too losely constrained FOD amplitude or curvature.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">About the number of tracks: I think your only constraints here are again available computation time and resources. &nbsp;Apart from that, &quot;more is better&quot;,
 because it can only give you a more complete view on the continuum of tracks that are possible, given your defined options.&nbsp; For instance, if you performed probabilistic tracking in the previous example, you would not have been able to avoid the spurious tracks
 for sure by lowering your amount of tracks.&nbsp; Even if you set the maximum number to 1, there exists a chance it would have been one of those spurious tracks.&nbsp; By generating more tracks, you get a better view on the full distribution of tracks, and are as such
 better able to interpret the result.&nbsp; A realistic but still quite robust number I personally prefer for between-region tracking is probably a few thousands (5000 or so); but again, this depends on what you're used to, how large the structure you are looking
 for actually is, and what your machine and time can handle. ;-)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Finally, also take in mind to set the -maxnum option high enough, if you were to do something similar to the previous example.&nbsp; It's very likely
 more than 99% of the tracks are discarded all the time in this case.&nbsp; By default, -maxnum is 100x -number.&nbsp; So if you really require the final number to be something specific, you might want to set -maxnum way higher than 100x -number.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Greetings,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Thijs<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Gabriel Gonzalez Escamilla [mailto:ggonesc@upo.es]
<br>
<b>Sent:</b> vrijdag 28 oktober 2011 13:44<br>
<b>To:</b> mrtrix-discussion@public.nitrc.org; mrtrix-discussion@public.nitrc.org<br>
<b>Cc:</b> Thijs Dhollander<br>
<b>Subject:</b> Re: Mrtrix-discussion Digest, Vol 33, Issue 8<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Sorry about not replying to the full mailing list, as you said it was my mistaken for not select reply to all when replying.<br>
<br>
Going back to my questions. As far as I understood, the best option is to&nbsp; introduce 3 masks (one for seeding, and 2 for inclusion), the thing is that and actually testing a hipothesis so my masks are tracts for some atlas and that makes not that easy to make
 some masks to follow your setup (the blue ones) so I will use the brain mask. How can I know if the mask of the brain is quite good in order to obtain all the &quot;only-between-region&quot; tracking in the best way? I mean is any way to prove that the wrong tracks
 will be discarded?<br>
<br>
This makes me wonder, for a whole brain aproximation, I'd set the number of tracks to 10 000 000, is this number logical for making within ROI and/or only-between-region traking? is this number too high in these cases?<br>
<br>
Bests,<br>
Gabriel<br>
<br>
El 28/10/11, mrtrix-discussion-request@www.nitrc.org escribió:<o:p></o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.5pt">Send Mrtrix-discussion mailing list submissions to<br>
mrtrix-discussion@www.nitrc.org<br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
mrtrix-discussion-request@www.nitrc.org<br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
mrtrix-discussion-owner@www.nitrc.org<br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than &quot;Re: Contents of Mrtrix-discussion digest...&quot;<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
&nbsp;&nbsp; 1. RE: help with streamtrack (Thijs Dhollander)<br>
&nbsp;&nbsp; 2. RE: help with streamtrack (Thijs Dhollander)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Fri, 28 Oct 2011 09:23:20 &#43;0000<br>
From: Thijs Dhollander &lt;thijs.dhollander@uzleuven.be&gt;<br>
Subject: RE: [Mrtrix-discussion] help with streamtrack<br>
To: &quot;'mrtrix-discussion@public.nitrc.org'&quot;<br>
&lt;mrtrix-discussion@public.nitrc.org&gt;<br>
Message-ID:<br>
&lt;F6A63D443D59464493812C3D9AC38F59A5E2@EX14MBX1A.uz.kuleuven.ac.be&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;us-ascii&quot;<br>
<br>
Skipped content of type multipart/alternative-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: symstoptracking.png<br>
Type: image/png<br>
Size: 1116 bytes<br>
Desc: symstoptracking.png<br>
Url : <a href="http://www.nitrc.org/pipermail/mrtrix-discussion/attachments/20111028/6af74b1a/symstoptracking-0001.png" target="_blank">
http://www.nitrc.org/pipermail/mrtrix-discussion/attachments/20111028/6af74b1a/symstoptracking-0001.png</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Fri, 28 Oct 2011 09:45:27 &#43;0000<br>
From: Thijs Dhollander &lt;thijs.dhollander@uzleuven.be&gt;<br>
Subject: RE: [Mrtrix-discussion] help with streamtrack<br>
To: &quot;'mrtrix-discussion@public.nitrc.org'&quot;<br>
&lt;mrtrix-discussion@public.nitrc.org&gt;<br>
Message-ID:<br>
&lt;F6A63D443D59464493812C3D9AC38F59A627@EX14MBX1A.uz.kuleuven.ac.be&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;us-ascii&quot;<br>
<br>
Hi again, :-)<br>
<br>
One extra thing to add: if you really have no clue where to put the blue seeding regions and your only real goal is to find all possible tracks between both green regions, you might define the blue seeding region as being the full brain mask.&nbsp; Many wrong tracks
 will be generated and discarded (so it might take quite a long time), but in the end you'll only get out the ones between both green regions.&nbsp; This also causes the least possible &quot;seeding-bias&quot;, as far as I can see.<br>
<br>
Greetings,<br>
Thijs<br>
<br>
________________________________<br>
From: mrtrix-discussion-bounces@public.nitrc.org [mailto:mrtrix-discussion-bounces@public.nitrc.org] &lt;mrtrix-discussion-bounces@public.nitrc.org]&gt; On Behalf Of Thijs Dhollander<br>
Sent: vrijdag 28 oktober 2011 11:23<br>
To: 'mrtrix-discussion@public.nitrc.org'<br>
Subject: RE: [Mrtrix-discussion] help with streamtrack<br>
<br>
Hi Gabriel,<br>
<br>
First, it's always helpfull to reply to the full mailing list (mrtrix-discussion@public.nitrc.org ; even though that is indeed not what happens by default if you click &quot;reply&quot; :-)): you'll get an answer faster and other people might also find the questions/answers
 usefull in the future.<br>
<br>
About your question: what you're looking for is the &quot;-stop&quot; option (with no extra arguments).&nbsp; If you include this one in your streamtrack command, all tracks will stop as soon as they enter any of your include regions: i.e. they will not track beyond your
 target ROI (but also not &quot;within&quot;, only &quot;up to&quot;, I suppose).<br>
<br>
But... I guess this way your tracks will still also extent beyond your seeding region (away from the direction to the include region); something you might not want if you only want to see tracks &quot;between&quot; the start (seed) and end (include) region.&nbsp; This is
 because, by default, tracking starts in 2 opposite directions from the seed.&nbsp; To fix this, you could use the &quot;-unidirectional&quot; and &quot;-initdirection&quot; options; but then you also need to provide a good guess for the starting direction.<br>
Apart from that, there's also an inherent bias in your choice of which of both regions will be the seed and which region will be the &quot;include&quot;.<br>
<br>
To fix all of this at once, and still incorporate your goal of &quot;only-between-region&quot; tracking, you might for example try a setup such as the one pictured in the (very professional ;-)) paint-drawing that is attached to this mail.&nbsp; Suppose you want to track
 between both green regions, knowing that the tracks in between certainly pass through both blue regions.&nbsp; You can also see this as tracking &quot;between&quot; (and also &quot;through&quot;, but not &quot;far beyond&quot;) both blue regions.&nbsp; You could then streamtrack, providing both
 blue regions as seeding region, and both green regions as include regions, and also adding the &quot;-stop&quot; option.&nbsp; Note that you need to define both green regions separately from each other (and put 2 -include options in your streamtrack command: this means the
 tracks have to hit both of them, i.e. one is not enough).&nbsp; Only tracks such as the red ones (seeded from the red dots) then meet all criteria, and there is no &quot;asymmetrical&quot; bias: on a large scale, tracking can go both<br>
&nbsp; ways between your ROI's.<br>
<br>
I hope this is somewhat clear! :-)<br>
<br>
Greetings,<br>
Thijs<br>
<br>
<br>
Thijs Dhollander<br>
PhD Student<br>
<br>
thijs.dhollander@uz.kuleuven.ac.be<br>
tel. &#43;32 16 34 90 37<br>
gsm. &#43;32 475 36 44 27<br>
<br>
Medical Image Computing (K.U.Leuven, ESAT/PSI, MIC)<br>
Medical Imaging Research Center | UZ Gasthuisberg | Herestraat 49 - bus 7003 | B-3000 Leuven |
<a href="http://www.medicalimagingcenter.be" target="_blank">http://www.medicalimagingcenter.be</a><br>
<br>
From: Gabriel Gonzalez Escamilla [mailto:ggonesc@upo.es] &lt;ggonesc@upo.es]&gt;<br>
Sent: vrijdag 28 oktober 2011 10:04<br>
To: Thijs Dhollander<br>
Subject: RE: [Mrtrix-discussion] help with streamtrack<br>
<br>
Hello Thijs,<br>
<br>
First, so sorry for taking so long in answer, and thank you so much for the information, it was so clear and was exactly what I was wondering about it.<br>
<br>
Now I would like to know about the calculation of the fibers that goes from one region to another, as I read in the manual and make my own trials, I put a seed region and a target region (options seed and include) but the include option has as condition that
 the tracks generated need to pass through the ROI (i.e. the tracks considered can extend beyond the target ROI), but I'm interested in only the part of the tracks which goes from one region and terminated to another one, is it possible to perform such analysis?<br>
<br>
Bests,<br>
Gabriel.<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.nitrc.org/pipermail/mrtrix-discussion/attachments/20111028/030fa8ea/attachment.html" target="_blank">
http://www.nitrc.org/pipermail/mrtrix-discussion/attachments/20111028/030fa8ea/attachment.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
Mrtrix-discussion@www.nitrc.org<br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
<br>
<br>
End of Mrtrix-discussion Digest, Vol 33, Issue 8<br>
************************************************<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
-- <br>
<br>
<br>
<br>
<br>
----------------------------<br>
Phd. student Gabriel González-Escamilla<br>
Laboratory of Functional Neuroscience<br>
Department of Physiology, Anatomy, and Cell Biology<br>
University Pablo de Olavide<br>
Ctra. de Utrera, Km.1<br>
41013 - Seville<br>
- Spain -<br>
<br>
Email: ggonesc@upo.es<br>
http://www.upo.es/neuroaging/es/ <o:p></o:p></p>
</div>
</body>
</html>