Hi David,<div><br></div><div>I&#39;m not sure what might be causing this, but it might be due to the b=0 images not being specified as b=0 in the DW encoding file. MRtrix basically assumes that the data consist of a single-shell HARDI with some b=0 images in it, and assumes that any volumes with a non-zero b-value are part of the HARDI shell. So if the b=0 images are actually specified as some low non-zero value, this will mess things up. Note this only affects the CSD, not the DTI fit.</div>

<div><br></div><div>To fix this (assuming that this is indeed the problem), you need to edit the encoding. This will depend on whether you&#39;re using the DICOM or NIfTI version of the data. Assuming DICOM, then export the encoding file using the &quot;mrinfo &lt;dataset&gt; -grad encoding.b&quot; command. If using the NIfTI data, then I assume you&#39;ve already come up with a way of creating that file. You&#39;ll then need to edit the file, and identify the b=0 volumes. The file is a 4-column matrix of values, the last column in the b-value. If the b-zeros are not zero, then set them to zero, save, and use that new file for the estimate-response and csdeconv commands, using the -grad option. If they were already zero, then the problem is elsewhere and I&#39;ll have to download the data to see where the problem might be...</div>

<div><br></div><div>Hope this fixes it. Let me know how you go.</div><div>Cheers,</div><div><br>Donald.</div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On 26 January 2013 00:25, David Coynel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:david.coynel@unibas.ch" target="_blank">david.coynel@unibas.ch</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi, and thanks for this nice software,
<div><br>
</div>
<div>I&#39;m having a problem when trying to do whole-brain tractography out of CSD data. The DWI data that I&#39;m testing are those released by the f1000 connectome (<a href="http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/enhanced/download.html" target="_blank">http://fcon_1000.projects.nitrc.org/indi/enhanced/download.html</a>),
 with 137 directions and b=1500m/s2. I followed the step-by-step procedure from the website, starting from dicom images. Although the response function estimated with an order of 8 looks totally normal, the FOD I obtain don&#39;t look perfect at all, and generate
 the type of whole brain tracking as shown on the attached picture (tracking parameters are all default). </div>
<div><br>
</div>
<div>I would appreciate if you could point me to a possible explanation for that.</div>
<div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks,<br>
David </div>
<br>
</div>
<div><img height="480" width="598" src="cid:5AE0D405-EE69-403C-9724-B9A8DBB7819B@psycho.unibas.ch"></div>
</div>

<br>_______________________________________________<br>
Mrtrix-discussion mailing list<br>
<a href="mailto:Mrtrix-discussion@www.nitrc.org">Mrtrix-discussion@www.nitrc.org</a><br>
<a href="http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion" target="_blank">http://www.nitrc.org/mailman/listinfo/mrtrix-discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><font color="#ff6600" size="1"><b>Dr Jacques-Donald Tournier<br></b></font><div><font color="#ff6600" size="1">Research Fellow</font></div><div><font size="1"><br>

</font></div><div><font size="1">The Florey Institute of Neuroscience and Mental Health</font></div><div><font size="1">Melbourne Brain Centre - Austin Campus</font></div><div><font size="1">245 Burgundy Street</font></div>

<div><font size="1">Heidelberg Â Vic Â 3084</font></div><div><font size="1">Ph: Â +61 3 9035 7033</font></div><div><font size="1">Fax: Â +61 3 9035 7307</font></div><div><font size="1"><a href="http://www.florey.edu.au" target="_blank">www.florey.edu.au</a></font></div>

<br>
</div>