<div dir="ltr">Dear Donald &amp; Team,<div><br></div><div>Let me introduce myself. My name is Alistair Perry and I am a post-graduate student at UNSW. Additionally Michael Breakspear at QIMR is my co-supervisor, so I will be using their pipeline, and I will meet you guys later in May.</div>

<div><br></div><div>I know this has been covered in previous posts, but this is an amalgamation of issues.</div><div><br></div><div>First, we have collected data in par/rec format from a 3T phillips scanner (b/vals = 1000, 31 directional). As obviously the gradient coordinates are not in mrtrix space and no DICOM format available, I had to flip the X-coordinates to achieve the desired result. I have attached the formatted encoding file. Could you confirm this is the correct for MRtrix?</div>

<div><br></div><div>However, in doing so, and running csdeconv, I receive a number of error messages: <b>csdeconv failed to converge</b> (I guess around +100 times). I have checked the resulting CSD orientation plot and everything appears to be ok, as does the resulting probalistic fiber tracks. There doesn&#39;t appear to be any voxels blacked out, although we are using elderly subjects with obvious cortical atrophy.  <br>
<br>Suprisingly, when testing different iterations of the encoding file (i.e flipping Y or Z coordinates) this error did not appear. Could you explain why this is so? Is there a frequency of messages where it becomes a concern?</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Alistair Perry</div></div>