<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Mrtrix Devs,<br><br></div>I was trying to find the default value for<b> trials (<span style="font-size:11pt;line-height:120%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:rgb(38,38,38)" lang="EN-GB">set
the maximum number of sampling trials at each point (only used for
probabilistic tracking). </span></b>) and for <b>initcuttof</b>. I began with reading the code in streamtrack.cpp and I see that there is a list of defaults <br><br>Tractography::Properties properties;<br>  properties[&quot;step_size&quot;] = &quot;0.2&quot;;<br>

  properties[&quot;max_dist&quot;] = &quot;200&quot;;<br>  properties[&quot;min_dist&quot;] = &quot;10&quot;;<br>  properties[&quot;threshold&quot;] = &quot;0.1&quot;;<br>  properties[&quot;unidirectional&quot;] = &quot;0&quot;;<br>

  properties[&quot;stop_when_included&quot;] = &quot;0&quot;;<br>  properties[&quot;no_mask_interp&quot;] = &quot;0&quot;;<br>  properties[&quot;sh_precomputed&quot;] = &quot;1&quot;;<br><br>Any values placed here will overwrite values from the previous section on options and will be replaced if the user provides an alternate value. However, when no value is given by the user and a default is not provided in the above list, the default is taken therefore from the options section?:<br>

<br>Option (&quot;cutoff&quot;, &quot;cutoff threshold&quot;,<br>      &quot;set the FA or FOD amplitude cutoff for terminating tracks (default is 0.1).&quot;)<br>    .append (Argument (&quot;value&quot;, &quot;value&quot;,<br>

          &quot;the cutoff to use.&quot;).type_float (0, 1e6, 0.1)),<br><br>  Option (&quot;initcutoff&quot;, &quot;intial cutoff threshold&quot;,<br>      &quot;set the minimum FA or FOD amplitude for initiating tracks &quot;<br>

      &quot;(default is twice the normal cutoff).&quot;)<br>    .append (Argument (&quot;value&quot;, &quot;value&quot;,<br>          &quot;the initial cutoff to use.&quot;).type_float (0, 1e6, 0.1)),<br><br>Option (&quot;trials&quot;, &quot;number of trials&quot;,<br>

    &quot;set the maximum number of sampling trials at each point &quot;<br>    &quot;(only used for probabilistic tracking).&quot;)<br>    .append (Argument (&quot;number&quot;, &quot;number&quot;, &quot;the number of trials.&quot;).type_integer(1, 10000, 50)),<br>

<br></div>If these values are overwritten however, I am wondering when does the initcutoff value get set to twice the cutoff value? (The original default i see is 0.1 which is the same value for cutoff) Does this occur in another file? <b>-initcutoff </b>(<span style="font-size:11pt;line-height:120%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:rgb(38,38,38)" lang="EN-GB">set
the minimum FA or FOD amplitude for initiating tracks</span><b><span style="font-size:11pt;line-height:120%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:rgb(38,38,38)" lang="EN-GB"> (default is twice the
normal cutoff))<br><br></span></b></div><span style="font-size:11pt;line-height:120%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:rgb(38,38,38)" lang="EN-GB">So my questions are these:<br></span><ol><li><span style="font-size:11pt;line-height:120%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:rgb(38,38,38)" lang="EN-GB">Is the default value for trials when none is given by the user 50? </span></li>

<li><span style="font-size:11pt;line-height:120%;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:rgb(38,38,38)" lang="EN-GB">When does initcutoff get set to twice the normal cutoff?</span></li></ol><p>Many thanks <br>

</p><p>Jesse<br></p></div>