<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div><div><div><span class=""><span></span></span></div><span class=""><span>Hi mrtrix users,<br><br></span></span></div><span class=""><span>I was wondering how streamtrack work in generating and selecting tracks. As far as I could see from mailing list, number of streamlines generated are usually higher than actually selected. Both commands can be set by -maxnum and -number options.<br>Reasons for excluding a streamline depend basically on tract length, inclusion or exclusion rois used.<br></span></span></div><span class=""><span>To get somehow a sense of the probability to get a connection one could divide number of selected streamlines to the number of generated ones.<br></span></span></div><span class=""><span>Looking at the messages in the archives, during probabilistick tracking, seed points are randomly 
selected within the seed mask, then a direction is chosen and eventually
 stream process starts if amplitude in that direction is higher than 
initcutoff.</span></span><br><span class=""><span><span class=""><span>>From my point of view an approach where a certain 
number of attempts are made from each voxel in brain mask would make a 
lot of sense to provide meaningful probability results related to 
&quot;existence&quot; of a connection; giving the opportunity to choice output 
number could be potentially dangerous, expecially when making connectomics 
analyses. </span></span><br></span></span></div><span class=""><span>I see there exists an option in streamtrack, -trials. How it does work precisely?<br></span></span></div><span class=""><span>I tried with a single voxel seed, fixing maxnum and number (100 or 500) and varying trials parameter. Considering i have set a negligible cutoff for minlength (1mm), what i see is that results strongly depend on trials parameter. Really small trials (5) cause all tracts terminating quite close to seed point; with higher number of trials, results get better. On the other side, the larger this number, the higher the likely to get spurious connections. <br>Is it correct to say, due to request of a certain number of streamlines, a lot of seed points are initializied within that unique seed voxel, and only after that trial parameter gets effective?<br>I am asking because I am not interested in making whole brain analysis, hence I want to carefully inspect how these parameters work. In the light of that, what could be a good compromise when handling trials, number and maxnum parameters?<br><br></span></span></div><span class=""><span>Best,<br></span></span></div><span class=""><span>Alessandro<br clear="all"></span></span><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><div><br>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Alessandro Calamuneri, M.Sc., PhD<br><div>Department of Neurosciences, University of Messina, Italy</div>
<div><br></div></div></div></div></div></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>