Hi,
I am using latest dcm2niix version (v1.0.20170724) with CentOS linux system to convert a set of DWI DICOM images (1024 images).
dcm2niix prompt that it only found 1022 images and images is not correctly converted. Error message were pasted below and screenshot of converted images were attached.

However, when I use latest dcm2niix with my Mac desktop to convert these problematic images. It can find all the image and converted correctly. I have no clue how same images were correctly converted under mac system but not linux system. Could this be a bug in dcm2niix, or it is a issue about linux? I appreciate all your help!

Thanks,
Yu-Shiang Su


Here is message by dcm2niix under linux system:

Compression will be faster with /usr/local/bin/pigz
Chris Rorden's dcm2niiX version v1.0.20170724 GCC4.4.7 (64-bit Linux)
Found 1022 DICOM image(s)
Slice positions repeated, but number of slices (1020) not divisible by number of repeats (31): missing images?
Dims 256 256 1020 1 31
Warning: Interslice distance varies in this volume (incompatible with NIfTI format).
Distance from first slice:
dx=[0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001 3.00002 0 3.00002 6.00011 8.99996 12 15.0001 18.0001 21 24 27 30.0001 33 36 39 42.0001 45 48 51 54.0001 56.9999 60 63 66.0001 68.9999 72 75 78.0001 80.9999 84 87.0001 90.0001]
Saving 32 DTI gradients. GE Reorienting DTI_b=1000_31dir_(_ac-pc) : please validate. isCol=1 sliceDir=3 flp=0 0 1
Convert 1020 DICOM as ./nii/DTI_b=1000_31dir_(_ac-pc)_1_0003 (256x256x1020x1)
Conversion required 5.566911 seconds (0.430000 for core code).



Here is the message from dcm2niix under Mac system:
Chris Rorden's dcm2niiX version v1.0.20170724 (OpenJPEG build) GCC6.1.0 (64-bit MacOS)
Found 1024 DICOM image(s)
Saving 32 DTI gradients. GE Reorienting DTI_b=1000_31dir_(_ac-pc) : please validate. isCol=1 sliceDir=3 flp=0 0 1
Convert 1024 DICOM as ./Downloads/01-DTI_DTI_b=1000_31dir_(_ac-pc)_20170405080447_3 (256x256x32x32)
Conversion required 1.432503 seconds (0.441814 for core code).